C’est en 1997 que les Arpec et l’Unapec constituent entre elles un réseau visant à mettre en œuvre les principes de transparence, de lisibilité, de cohérence et de subsidiarité dans leur action. Ce réseau a également pour objet de renforcer leur complémentarité et de rechercher plus d’efficacité dans la gestion administrative et financière de la formation.
En 2001, ce réseau prendra le nom de Formiris.

En mai 2002, après la biennale de la formation et à la suite de la publication du rapport Harzo, Paul Malartre, Secrétaire général de l’enseignement catholique lance un travail de refondation du système de formation en vue de remplacer les Directives pour la formation de 1993.
La charte de la formation est adoptée par le comité national de l’enseignement catholique (CNEC) de mars 2004.
Cette charte place l’établissement au cœur du dispositif de formation et tient compte du fonctionnement associatif, des instances paritaires et de la politique de l’Enseignement catholique. Elle s’inscrit dans le contexte plus large des lois, règlements et accords professionnels concernant la formation de tous les personnels.
Enfin la charte définit, à partir d’axes stratégiques, de valeurs et de principes, l’architecture d’ensemble du système de formation.

En 2005, en application de la charte de la formation, les Arpec et l’Unapec se transforment et constituent une fédération reprenant le nom de Formiris.
A la fin de l’année scolaire 2004/2005, 13 associations territoriales remplacent les 24 Arpec.
Le 9 novembre 2005, l’Unapec modifie ses statuts et devient « Formiris, la fédération des associations pour la formation et la promotion professionnelles dans l’enseignement catholique ».
Formiris est désormais l’organisme national de l’enseignement catholique chargé de la formation.